1、进行充分的调查研究
阿米巴组织制定经营目标，既要适应外部环境的需求，也要符合阿米巴组织本身发展的可能。所以，阿米巴组织制定经营目标，就要充分掌握历史会计数据。分析研究环境的变化对自身经营带来的风险与机会，分析阿米巴组织自身的现状，研究通过努力可能达到的新水平。只有通过科学的分析，这样确定的经营目标，才能切实可行。
2、确定合适的目标值
首先，阿米巴组织制定经营目标，需要确定合适的目标数量。阿米巴组织既要保持一定的目标数，系统地反映阿米巴经营成果，又要坚持目标数量精准，以利于集中企业资源解决好主要问题。在确定经营目标数时，尤其是制定总体性目标，必须突出统管企业全局、事关阿米巴经营成败的关键目标，有意识地引导阿米巴成员抓住重点，切忌将目标数量立得过多、过细，以致主次不分，因小失大等局面出现。
其次，确定合适的经营目标水平。要使其充分发挥经营目标所应具有的鼓舞和动员作用，激发阿米巴成员的积极性和创造性，开展新局面。在确定目标水平时，防止脱离实际和不求进取的心态出现。
最后，确定合适的目标表示形式。阿米巴组织要尽量采用数量指标和质量指标，以利于综合反映企业的经营成果，反应目标水平的指标。例如，可以采用绝对数或相对数来描述，当目标用绝对数描述时，如：销售额、利润额、产品成本等，它只反映经营成果的“量”的水平；当目标用相对数描述时，如：销售增长率、利润增长率等。因此，为具体显示经营成果达到的绝对数量水平，也为了评价、对比经营成果相对提高（或下降）的程度，应同时选用表述目标水平的两类指标为宜。
3、做好综合平衡
阿米巴组织的各类目标要保持一致性，不能互相脱节，互相矛盾，这样才能保证阿米巴经营活动的协调一致，形成“向心力”。阿米巴领导人应着力于做好经营目标的综合平衡，发挥统筹指导的作用。
4、建立与推行目标管理制度
推行目标管理可以有效地引导阿米巴成员，经过上下级之间相互协商的方式，参与经营目标的制定，努力达成阿米巴总体性目标；明确阿米巴组织与个人的工作方向与要求，树立一种责任感，使各项目标落实到具体的责任人，并通过全员参与、考核奖惩等手段，激发阿米巴成员发挥主观能动性与创造性，为实现经营目标而不断奋斗。