阿米巴经营的循环改善系统以人力、信息、生产、财务、营销、研发、客服等为基点，采取PDCA循环的方式实现螺旋式上升，具体分为四个阶段：
1．P阶段（Plan）——计划。本阶段通过阿米巴议进行阿米巴课题整理及专案管理来制定，包括四个步骤：
（1）选择专案：以改善经营为目的，选择合理的改善专案，明确各个阿米巴最重要的业务课题，可以把失败率降低到最小，进而降低投资项目的风险。
（2）设定目标：规定改善活动所要做到的内容和达到的标准。目标要尽可能地用数字来量化，即使是抽象的目标，也要有明确的评判标准。
（3）提出各种循环改善的操作方案并确定一个最佳方案。
（4）制定对策：将方案分解为具体的年度计划和月度计划，逐一制定对策，如在何处执行、由谁负责、如何完成等，必须非常明确。
2．D阶段（DO）——执行。执行就是具体运作，实现计划中的内容。在阿米巴单元中，一个项目通常由五个左右的人参与执行，并要求每个参与者在一定时间内完成部分文字工作，收集、记录原始和过程、结果数据并存档。之后还会邀请相关人员进行评审，做项目结果分析。
3．C阶段（Check）——检查。总结执行计划的结果，明确效果，找出问题。方案是否有效、目标是否完成，需要进行效果检查后才能得出结论。根据上一阶段的原始记录和数据，运用经营会计或单位时间核算表把完成情况同预期的目标进行比较，确认并分析其中的差距。
4．A阶段（Action）——处理。根据“销售最大化、费用最小化”的原则，对检查的结果进行处理。对已被证明的有成效的措施模式化或者标准化，以便进行推广；对于效果不显著的方案和实施过程中出现的问题加以总结，并将这一轮未解决的问题放到下一个PDCA循环，进行下一个循环的改善。
PDCA循环是一个螺旋式循环改善的基础方法，不仅可以用于某个项目，还可用于整个企业或某个阿米巴单元。
在阿米巴经营中，通过员工不断质疑现有的做法，并对经营会计报表中反映出的问题进行分析，自发思考解决方案，循环改善也就由此而生。各个阿米巴单元可在符合企业的整体目标的前提下进行无限的循环改善，上一循环是下一循环的母体和依据，下一循环是上一循环的分解和保证。一个PDCA循环运转结束，意味着经过一次循环，解决了一批问题，经营水平有了新的提高。然后再制定下一个循环，再进行总结，提出新目标，进行下一次PDCA循环。各个阿米巴单元的循环改善又带动了整个企业大的循环改善，最终使得企业经营水平不断提高。
PDCA循环实际上是有效展开任何循环改善的基本方法，并得到了广泛的应用，取得了很好的效果。然而人类的智慧是无穷尽的，还有一种追求完美、追求卓越，在永无止境的改善过程中获得自我满足的管理体系，就是以丰田生产模式为代表的精益生产。
以丰田生产方式为标志的日本经营管理思想改变了21世纪全球制造业的秩序。目前中国企业所面临的最大困扰，不是设备、资金等资源的缺乏，而是缺乏如何使这些资源发挥最大的作用的经营管理系统。
很难想象如果离开了类似于阿米巴经营方式的丰田公司，凭什么充分调动全体员工的主动性、创造性参与经营，展开无止境的精益改善。
在实际操作中，阿米巴经营的PDCA循环与精益生产是配套使用的，缺乏类似于阿米巴经营的系统经营体制，单单靠学习精益生产的具体操作方法，是不可能将精益生产做到及格水平。阿米巴经营做到最后一定能够带动高水准精益生产的实现。